某县规划工业园区，该县某化工厂在工业园区规划中获得26000平方民的规划区域，预建工业厂房，其中5000平方米为办公用房。该化工厂为该项目委托招标代理机构进行进行公开施工招标，其施工招标文件中合同条款部分的内容具体如下：
(1)通用合同条款
①发包人从第一个进度付款周期开始，按专用合同条款的约定扣留质量保证金，直至扣留的质量保证金总额达到专用合同条款约定的金额或比例为止。除专用条款另有约定外，保修期满后，承包人向发包人申请返还剩余的质量保证金。
②合同当事人根据有关法律规定，在专用合同条款中约定工程质量保修范围、期限和责任。保修期自实际竣工日期起计算。
③工程竣工结算。除专用合同条款另有约定外，发包人收到承包人递交的竣工结算书后，在28天内给予审核或提出修改意见。双方就竣工结算价款达成一致意见后7天内，发包人支付竣工结算价款（质量保证金除外），发包人逾期支付的，应向承包人支付逾期付款的违约金，违约金的计算标准在合同专用条款中约定。
(2)专用合同条款
①质量保证金金额或抵扣比例：每次进度付款中按10%扣留。质量保证金限额：签约合同价的5%。
②工程质量保修范围、期限和责任：施工单位在该项目的设计规定的使用年限内承担全部保修责任。
③工程竣工结算。双方就竣工结算价款达成一致意见后，交由发包人上级单位指派的审计机构审核，本工程竣工结算价款以审计机构出具的《审计决定书》确认的结果为准发包人逾期支付的违约责任：执行《通用合同条款》。
【问题】
上述招标文件中合同条款存在哪些不妥之处？说明理由并提出修改建议。